昆明市疾病预防控制中心于2002年3月12日成立，由原昆明市卫生防疫站、昆明市皮肤病防治院、昆明市结核病防治所合并组建而成。2017年5月原昆明市健康教育所整合并入昆明市疾病预防控制中心，同时加挂昆明市健康所、昆明市卫生检验中心的牌子。 昆明市疾病预防控制中心是昆明市人民政府举办的公益事业单位，机构规格为正县级。在昆明市卫生健康委员会的领导下，具体实施传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息；健康危害因素监测与干预，开展食源性、职业性、放射性、环境性等疾病的监测评价和流行病学调查，开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略与措施；疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；健康教育和健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预；疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。 根据职责任务，中心设8个内设机构，设业务科室22个。现有职工344人，各级各类专业技术人员309人，管理岗人员17人，工勤岗位人员18人。